Hovedforskjellen mellom allel og genotype er at allelen er en av variantformene til et gen som er lokalisert på samme genetiske sted i et kromosom, mens genotypen er den genetiske sammensetningen av et bestemt trekk.
Genetikk er studiet av gener og arvelige mønstre i organismer. Kromosomer er strukturene som inneholder den genetiske informasjonen til en organisme. Derfor er det et spesifikt antall kromosomer i genomet i eukaryoter. Hvert kromosom har tusenvis av gener som er spesifikke regioner i kromosomene. Faktisk er gener strukturelle enheter i genetikk som lagrer genetisk informasjon for å produsere proteiner. Hvert gen har to kopier som stammer fra hver av foreldrene.
Tilsvarende er en allel en variant av et gen eller en form av et gen. Videre har hvert gen to former av alleler som bestemmer karakteristikken kodet av genet. Derfor er genotype den genetiske sammensetningen av en organisme som bestemmes av fordelingen av alleler i forskjellige gener.
