Hovedforskjellen mellom allel og locus er at allelen refererer til en av de to eller flere alternative sekvensene av et gen på et bestemt sted mens locus refererer til et bestemt sted på et kromosom hvor et gen kan bli funnet.
I form av gener arver genetisk informasjon fra foreldre til avkom. Gener er de spesifikke nukleotidsekvensene som ligger i kromosomene. Mange gener kan bli funnet i genomet til en organisme. Arrangementet i genomet er presist, og plasseringen av genet kan enkelt bli funnet ved hjelp av en genetisk markør. Videre kan et bestemt gen ha forskjellige versjoner som vi kaller som alleler. Den spesifikke plasseringen av et gen i kromosomet er også veldig viktig, og vi kaller det et lokus.
