Hovedforskjellen mellom Prostaglandin E1 og E2 er at prostaglandin E1 (PGE1) er en antiinflammatorisk faktor, mens Prostaglandin E2 (PGE2) er en proinflammatorisk faktor.
Prostaglandiner er lipid-avledede forbindelser som har en hormonlignende funksjon. De kan fungere som autokrine eller parakrine forbindelser som forårsaker antagonistiske eller synergistiske effekter i de levende organismer. Prostaglandin E1 og prostaglandin E2 er to typer, og de skiller seg med hensyn til funksjonaliteten i betennelse. Både prostaglandin E1 og E2 tilhører samme familie av prostaglandin E2, og deres reaksjonsgrunnlag og deres effekter er ennå ikke fullstendig belyst. De brukes i behandlinger av ulike biokjemiske mekanismer hos levende vesener.