Hovedforskjellen mellom polyatomiske ioner og forbindelser er at polyatomiske ioner har enten en positiv eller negativ elektrisk ladning, mens forbindelsene ikke har noen netto elektrisk ladning.
Et polyatomisk ion er et begrep som vi bruker for å nevne kjemiske arter som inneholder to eller flere atomer som har en netto negativ eller positiv elektrisk ladning. Den elektriske ladningen til dette ionet er et resultat av antall elektroner som er tilstede i hvert atom; hvis det er flere elektroner enn det totale antallet protoner i atomer, får det en netto negativ ladning og omvendt. Forbindelser er derimot kjemiske arter uten elektrisk ladning. De har like mange elektroner og protoner.