Hovedforskjell - Bakterielle transposaser vs retrovirale integraser
Det transportable genetiske materialet har utviklet seg med to hovedstrategier for å bevege seg fra en region til den neste regionen i og mellom genomene. En metode er å fortrenge gjennom et RNA-molekyl før dannelsen av et DNA-molekyl, mens den andre veien involverer DNA-mellomprodukter. Transposaser og virale integraser er eksempler på slikt transponerbart genetisk materiale. Bakterielle transposaser binder seg til enden av transposons og letter katalyse av transposonbevegelsen til en annen del av genomet gjennom forskjellige mekanismer. Retrovirale integraser er enzymer som hjelper til med å integrere genetisk materiale av retrovirus som HIV i genetisk materiale (DNA) til vertscellen den infiserer. Dette er nøkkelforskjellen mellom bakterietransposaser og retrovirale integraser.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er bakterietransposaser
3. Hva er retrovirale integraser
4. Likheter mellom bakterietransposaser og retrovirale integraser
5. Sammenligning side om side - Bakterielle transposaser vs Retrovirale integraser i tabellform
6. Oppsummering
Hva er bakterietransposaser?
Transposase kan defineres som et enzym bundet til enden av transposoner som letter katalysen av transposonbevegelsen til en annen del av genomet gjennom forskjellige mekanismer. Slike mekanismer inkluderer 'klipp og lim inn mekanisme' og 'replikativ transposisjonsmekanisme'. Transposase ble først introdusert gjennom kloning av enzymet som er nødvendig for transposisjon av Tn3-transposon. To viktige strategier har blitt brukt av de transponerbare genetiske elementene for forskyvning mellom genomer eller fra ett sted til et annet. Transporten gjennom et mellomprodukt av RNA før syntesen av en DNA-kopi er en strategi mens den andre blir bundet til DNA-mellomprodukter alene. Rekombinasjonsreaksjonene som er involvert i integrasjonen av begge elementene skjer på grunn av elementspesifikke enzymer. Og dermed,i en forekomst av DNA-elementer er disse enzymene kjent som transposaser, mens de i en forekomst av RNA-elementer er kjent som integraser.
Når man sammenligner forskjellene mellom begge transposisjonsstrategiene, ser det ut til at prosessen med innsetting er identisk kjemisk. Men nyere bevis foreslår at visse likheter i integrasjonsmekanismen sees i regionene av aminosyresekvenser som danner et aktivt sted; DDE-motivet. Fem familier av transposaser klassifiseres for tiden, men antall familier er ennå ikke økende med nye transposase-tegn. Familiene inkluderer DDE-transposase, Tyrosine (Y) -transposase, Serine (S) -transposase, Rullende sirkeltransposase, Omvendte transkriptaser / endonukleaser (RT / En) osv. Disse familiene bruker unike katalytiske mekanismer for å bryte og gjenforene DNA. DDE-transposasen involverer i klippe- og limmekanismen til det originale transposonet og bærer tre sett med konserverte aminosyrer, nemlig;aspartat (D), aspartat (D) og glutamat (E). Tyrosintransposasene involverer også i kutt- og limmekanismen ved bruk av tyrosinrester, som er stedsspesifikk.
Figur 01: Bakterielle transposaser
Serintransposasene involverer et mellomprodukt av sirkulært DNA og utfører kutte- og limmekanismen akkurat som ovenfor familiene. Den rullende sirkel-transposasen involverer i kopieringsmekanismen der en enkelt streng kopieres direkte til målstedet gjennom DNA-replikering. Dette sikrer at malstrengen og den kopierte strengen har en streng som nylig er syntetisert. Omvendte transkriptaser / endonukleasetransposaser har forskjellige mekanismer for transposisjon.
Hva er retrovirale integraser?
I sammenheng med Retroviral Integrase, blir det betraktet som et retroviralt enzym som hjelper til med integrering av genetisk materiale av retrovirus slik som HIV i genetisk materiale (DNA) i cellen som er infisert. Disse retrovirale integrasene blir ofte forvekslet med fagintegraser. Eksempler på fagintegraser er λ-fagintegrase. Men dette er helt forskjellige enzymer og bør ikke forveksles med. Når det gjelder dannelsen av retroviralt preintegrasjonskompleks, spiller retroviral integrase en stor rolle. Retrovirale integrase-proteiner består vanligvis av tre (03) kanoniske domener. Disse domenene er koblet sammen med fleksible lenker.
De tre domenene inkluderer et N-terminal sinkbindende domene hvor tre spiralformede bunter er koblet sammen og stabilisert gjennom koordinering med involvering av et Zn 2+kation, et RNase H-katalytisk kjernedomene og et C-terminal DNA-bindende domene, som er en SH3-fold. Ved undersøkelse og gjennom biokjemisk og strukturell informasjon antyder det at retroviral integrase har evnen til å fungere som en dimer av dimmere (tetramer). I sammenheng med multimerisering og viral DNA-binding, alle tre domenene til det retrovirale integrase-proteinet. Den viktigste funksjonen til retroviral integrase er å sette inn genetisk materiale til verts-DNA. Dette trinnet er det viktigste trinnet i viral replikasjon av HIV-virus. Når den er vellykket integrert, vil den være der i det kromosomale DNA i cellen resten av levetiden.
Figur 02: Retrovirale integraser
Derfor, når den er integrert, er det ingen retur for cellen. Disse retrovirale integrasene involverer i katalysasjonen av to hovedreaksjoner inkludert 3'-endebehandling og kovalent ligering. Under 3'-endebehandling fjernes 2-3 nukleotider fra begge 3'-endene av viralt DNA med den hensikt å avsløre CA-dinukleotidene til 3'-endene av viralt DNA, og under kovalent ligering vil de behandlede 3'-endene av viralt DNA blir ligert kovalent i kromosomalt verts-DNA.
Hva er likheten mellom bakterietransposaser og retrovirale integraser?
Både bakterietransposaser og retrovirale integraser har lignende aminosyresekvenser
Hva er forskjellen mellom bakterietransposaser og retrovirale integraser?
Diff Article Midt før tabell
Bakterielle transposaser vs retrovirale integraser |
|
| Bakteriell transposase er et enzym bundet til enden av transposoner mens det letter katalysen av transposonbevegelsen til en annen del av genomet gjennom forskjellige mekanismer. | Retrovirale integraser betraktes som et retroviralt enzym som hjelper til med å integrere det genetiske materialet til retrovirus som HIV i det genetiske materialet (DNA) i cellen som er infisert. |
| Bindende regioner | |
| Høyspesifikke bindingsregioner er nødvendig for bakterietransposaser. | Mindre eller ingen nukleotidsekvens nødvendig for binding. |
Sammendrag - Bakterielle transposaser vs retrovirale integraser
Bakterielle transposaser blir betraktet som et retroviralt enzym som hjelper til med å integrere det genetiske materialet til retrovirus slik som HIV i det genetiske materialet (DNA) i cellen som er infisert. To viktige strategier har blitt brukt av de transponerbare genetiske elementene for forskyvning mellom genomer eller fra ett sted til et annet. Fem familier av transposaser klassifiseres for tiden, men antall familier er ennå ikke økende med nye transposase-tegn. Retroviral integrase, regnes det som et retroviralt enzym som hjelper til med integrering av genetisk materiale av retrovirus som HIV i genetisk materiale (DNA) i cellen som er infisert. Retrovirale integrase-proteiner består vanligvis av tre (03) kanoniske domener. Den viktigste funksjonen til retroviral integrase er å sette inn genetisk materiale til verts-DNA. Dette trinnet er det viktigste trinnet i viral replikasjon av HIV-virus. Derfor, når den er integrert, er det ingen retur for cellen. Dette er forskjellen mellom bakterietransposaser og retroviral integrase.
Last ned PDF-en av bakterielle transposaser vs retrovirale integraser
Du kan laste ned PDF-versjonen av denne artikkelen og bruke den til frakoblede formål som angitt i en henvisning. Last ned PDF-versjonen her: Forskjellen mellom bakterielle transposaser og retrovirale integraser
