Hovedforskjellen mellom bakterielle endosporer og soppsporer er den cellulære organisasjonen av de to typene sporer. Bakterielle endosporer er sovende strukturer som er tilstede i prokaryote bakterier. Soppsporer er reproduktive strukturer som er tilstede i eukaryote sopp.
Bakterielle endosporer er tilstede i bakteriecellene, og de er sovende strukturer som kan overleve de tøffe miljøforholdene. Derfor spiser disse endosporene når de passende miljøbetingelsene blir oppfylt. I motsetning er soppsporer eksosporer som frigjøres til utsiden for sporulering.
