Hovedforskjellen mellom epistase og pleiotropi er at epistasis er fenomenet der ett gen på ett sted endrer det fenotypiske uttrykket til et gen på et annet sted, mens pleiotropi forklarer fenomenet der et enkelt gen påvirker flere fenotypiske egenskaper.
Epistase og pleiotropi er to fenomener i genetikk. Epistase oppstår når mer enn ett gen bestemmer en enkelt fenotype. Derfor, i epistase, påvirker ett gen ekspresjonen av et annet gen som ligger på et annet sted. I motsetning til dette oppstår pleiotropi når ett gen bestemmer flere fenotyper. Derfor bidrar ett gen til flere egenskaper. Både epistase og pleiotropi er variasjoner av Mendelian Arv.
