Hovedforskjellen mellom flaggskip og paraplyarter er at flaggskiparter er en art som fungerer som et symbol eller ikon for et definert habitat, mens paraplyarter er arten som indirekte er involvert i bevaring av mange andre arter på økosystem- eller landskapsnivå.
I et økosystem er det forskjellige typer levende organismer. Disse artene samhandler seg selv gjennom forskjellige typer prosesser som predasjon, parasittisme, mutualisme, symbiose og konkurranse. Bevaringen av arter kan være subjektiv, og det er ikke lett å bestemme artenes status. Derfor, for å gjøre det enkelt å bevare, kan noen arter som paraplyarter, keystone-arter og flaggskiparter brukes. Endringene i disse artene indikerer statusen til andre arter i økosystemet. Derfor gjør det bevaringsbeslutninger enklere.
