Hovedforskjellen mellom Watson og Crick og Hoogsteen baseparring er at Watson og Cricks baseparring er standard måten som beskriver dannelsen av basepar mellom puriner og pyrimidiner. I mellomtiden er Hoogsteen baseparring en alternativ måte å danne basepar der purin tar en annen konformasjon med hensyn til pyrimidin.
Et nukleotid har tre komponenter: en nitrogenholdig base, et pentosesukker og en fosfatgruppe. Det er fem forskjellige nitrogenholdige baser og to pentosesukker involvert i strukturen av DNA og RNA. Når disse nukleotidene danner en nukleotidsekvens, danner komplementære baser, enten puriner eller pyrimidiner, hydrogenbindinger mellom dem. Dette er kjent som baseparing. Derfor dannes et basepar ved å forbinde to nitrogenholdige baser ved hjelp av hydrogenbindinger. Watson og Cricks baseparring er den klassiske eller standardtilnærmingen, mens Hoogsteen baseparring er en alternativ måte å danne basepar på.
