Hovedforskjellen mellom pyridin og pyrimidin er at pyridinstrukturen ligner strukturen til benzen med en metylgruppe erstattet av et nitrogenatom, mens pyrimidinstrukturen, selv om den også ligner strukturen til benzen, har to metylgrupper erstattet av nitrogenatomer.
Pyridin og pyrimidin er organiske forbindelser. Disse er navngitt som heterosykliske organiske forbindelser fordi de er sykliske strukturer som har to forskjellige typer atomer som lager ringen. Disse ringstrukturene inneholder karbon- og nitrogenatomer.