Hovedforskjellen mellom UPGMA og nabotilslutningstreet er typen fylogenetisk tre som kommer fra hver metode. UPGMA er teknikken for å konstruere et rotfestet fylogenetisk tre mens naboen som er sammen med treet, er teknikken for å konstruere et rotfri fylogenetisk tre.
Fylogenetiske trær er trelignende diagrammer som viser evolusjonære forhold mellom organismer. Et fylogenetisk tre kan ha forskjellige topologier avhengig av teknikken som brukes til trekonstruksjon. UPGMA og naboforeningen er to hovedmetoder som bygger fylogenetiske trær.