Hovedforskjellen mellom muoner og mesoner er at muoner er en type elementære partikler som ikke har noen underkonstruksjon, mens mesoner er en type hadroniske subatomære partikler som har et par kvark- og anti-kvarkpartikkel.
Muoner og mesoner er to typer partikler i materie. Muoner er en type elementære partikler som elektroner, og vi kan ikke dele dem videre i mindre strukturer (for eksempel kvarker). Men mesoner er noe større enn muoner og inneholder kvark- og antikvarkpartikler; dermed faller de under en annen kategori som kalles hadroniske subatomære partikler. Uttrykket hadronisk middel indikerer at det inneholder to eller flere kvarkpartikler, og subatomære partikler er mindre strukturer enn toms, som bygger opp strukturen til et atom.
