Hovedforskjellen mellom genamplifisering og genkloning er at genamplifiseringen er prosessen med å lage mange kopier av genet av interesse in vitro ved en polymerasekjedereaksjon. Men genkloning er en prosess for å lage mange kopier av genet av interesse in vivo ved å lage et rekombinant plasmid og transformere det til en vertsbakterie.
Et gen er et spesifikt fragment av DNA som koder for et protein. En organisme har tusenvis av gener. Videre er det mulig å multiplisere DNA-sekvensene til viktige gener ved hjelp av molekylærbiologiske teknikker. Genamplifisering og genkloning er to slike prosedyrer. Begge prosedyrene produserer mange kopier av et gen av interesse. Imidlertid er det en forskjell mellom genamplifisering og genkloning når det gjelder metodikken deres.