Hovedforskjellen mellom alfa og beta helix er avhengig av typen hydrogenbinding de danner når de utvikler disse strukturene. Alpha-helikser danner intramolekylære hydrogenbindinger mens betahelixene danner intermolekylære hydrogenbindinger.
Komplekse proteiner har fire strukturelle organisatoriske nivåer - primær, sekundær, tertiær og kvaternær. De sekundære strukturene til proteiner danner peptidkjedene i forskjellige retninger. Peptidkjedene består av aminosyresekvenser bundet av peptidbindinger. Derfor er det to hoved sekundære strukturer i proteiner som alfa helix og beta helix. I tillegg er det andre sekundære strukturer som kalles beta-sving og hårnålestrukturer. Hovedsakelig fokuserer denne artikkelen på forskjellen mellom alfa og beta helix.
