Hovedforskjellen mellom ribozymer og proteinenzymer er at ribozymer er RNA-molekyler som er i stand til å katalysere visse spesifikke biokjemiske reaksjoner mens proteinenzymer er proteinmolekyler som er i stand til å katalysere de fleste av de biokjemiske reaksjonene som forekommer i de levende organismer.
Enzymer er biologiske katalysatorer, og de fremskynder hastigheten av biokjemiske reaksjoner. Generelt er alle enzymer proteiner som består av aminosyrer. Derfor blir de også referert til som proteinenzymer. Imidlertid er det spesifikke RNA-molekyler som kan fungere som katalysatorer for spesifikke biokjemiske reaksjoner. De er ribozymer eller ribonukleinsyreenzymer. Derfor utfører både ribozymer og proteinenzymer den samme funksjonen som katalyserer biokjemiske reaksjoner.
