Den viktigste forskjellen mellom sterilisering og desinfeksjon, er at sterilisering er en prosess for å drepe alle former for mikrobiologisk liv inkludert sporer som er tilstede i et objekt, mens desinfeksjon er en prosess for å redusere eller fjerne skadelige mikroorganismer fra de døde gjenstander og overflater.
Mikroorganismer er allestedsnærværende. Siden de forårsaker forurensning, infeksjon og forfall, blir det nødvendig å fjerne eller ødelegge dem fra materialer eller områder via dekontaminering. Sterilisering og desinfisering er to former for dekontaminering. Desinfeksjon tar sikte på å drepe mikrober til et nivå som infeksjonen ikke overfører, men det dreper ikke nødvendigvis alle mikroorganismer som er tilstede i et livløst objekt. Imidlertid er sterilisering en prosess med dekontaminering der alle mikroorganismer som er tilstede i en gjenstand ødelegger, og følgelig blir gjenstanden en steril. Derfor dreper sterilisasjonsprosessen også sporene, inkludert endosporer av bakterier. Kort oppsummert,vi kan si at sterilisering dreper alle mikroorganismer som er tilstede i et objekt eller et sted, mens desinfisering bare reduserer antall skadelige mikroorganismer for å forhindre overføring.