Hovedforskjellen mellom HPLC og GC er at HPLC bruker en fast stasjonær fase og flytende mobil fase, mens GC bruker en flytende stasjonær fase og gassformig mobil fase.
HPLC og GC er begge metoder for separasjon av forbindelser fra en blanding. Mens HPLC refererer til høytrykksvæskekromatografi, er GC ganske enkelt gasskromatografi. HPLC gjelder således bestanddeler som er væsker, men GC er nyttig når forbindelsene er gassformige eller forbindelsene som gjennomgår fordampning under separasjonsprosessen. Imidlertid har begge det samme underliggende prinsippet om at tunge molekyler flyter langsommere enn lettere.
