Hovedforskjellen mellom gelfiltrering og gelpermeaksjonskromatografi er at den mobile fasen av gelfiltreringskromatografi er en vandig løsning, mens den mobile fasen av gelpermeaksjonskromatografi er et organisk løsningsmiddel.
Både gelfiltrering og gelpermeatjonskromatografi kommer inn under kategorien størrelseseksklusjonskromatografi der vi kan skille molekylene i en løsning avhengig av størrelsen. Det vil si at vi noen ganger kan skille molekylene i henhold til deres molekylvekt. Vanligvis bruker vi disse teknikkene til å skille komplekse molekyler som proteiner og i industriell skala, for å skille polymermaterialer. Hovedforskjellen mellom gelfiltrering og gelpermeaksjonskromatografi er i mobilfasen vi bruker i hver teknikk.
