Hovedforskjellen mellom kaperoner og kaperoniner er at kaperonene utfører et bredt spekter av funksjoner, inkludert folding og nedbrytning av proteinet, hjelp til proteinsamling, etc., mens nøkkelfunksjonen til kaperoniner er å hjelpe til med å brette store proteinmolekyler.
Molekylære chaperons eller chaperones er proteinmolekyler som hjelper i prosessen med å brette proteiner til komplekse strukturer. Derfor er chaperonins en type chaperone, som inkluderer varmesjokkproteiner. Av alle typer kaperoner er kaperoniner de mest studerte proteinene på grunn av den viktige rollen det spiller under riktig proteinfolding. Derfor forhindrer virkningen av chaperones og chaperonins den irreversible aggregeringen av proteiner og muliggjør dermed deres funksjonalitet. Chaperones og chaperonins er forskjellige fra hverandre basert på funksjonaliteten til de to molekylene.
