Hovedforskjellen mellom innsettings- og erstatningsvektorer er at innsettingsvektoren har evnen til å sette inn moderate lengder utenlandsk DNA mens erstatningsvektoren har evnen til å imøtekomme større lengder utenlandsk DNA.
Fagvektorer er bakteriofager som brukes til kloning. Det er to typer fagvektorer; de er innsettingsvektor og erstatningsvektor. Også alle fagvektorer består av ikke-essensielle gener. Imidlertid må disse genene fjernes fra fager for å lette nye fremmede DNA-innsatser.