Nøkkelforskjellen mellom R- og S-konfigurasjon er at R-konfigurasjonen er det romlige arrangementet av R-isomer, som har sin relative retning av prioritetsrekkefølge i retning med urviseren, mens S-konfigurasjon er det romlige arrangementet av S-isomer som har sin relative prioritetsretning. bestill i retning mot urviseren. Her er den relative retningen til prioritetsrekkefølgen den synkende rekkefølgen på prioriteringene til substituenter.
R- og S-isomerer er organiske molekyler som har et chiralt senter, som er et karbonatom som har fire forskjellige substituenter festet til seg. Disse substituentene blir oppført i henhold til deres prioritet (prioriteten bestemmes ved hjelp av CIP-regler som beskrevet nedenfor).