Hovedforskjellen mellom acetyl CoA og acyl CoA er at acetyl CoA (eller acetylkoenzym A) hjelper til med metabolisering av protein, karbohydrat og lipider, mens acyl CoA (eller acylkoenzym A) hjelper til med metabolismen av fettsyrer.
Acetyl CoA er veldig nyttig for å levere acetylgruppen til Krebs-syklusen for energiproduksjon. En acetyl gruppe er en funksjonell gruppe som har den kjemiske formelen -C (O) CH 3. En acylgruppe er også en funksjonell gruppe med den kjemiske formelen –C (O) R hvor R-gruppen er en fettsyresidekjede. Det er nyttig i produksjon av energi via konvertering til acetyl CoA.
