Hovedforskjellen mellom mutagen og teratogen er at mutagen er et stoff eller et middel som forårsaker en endring i sekvensen av DNA til et individ, mens et teratogen er et middel som forårsaker skade på fosteret eller det utviklende embryoet under graviditet.
Mutagener og teratogener er vanligvis kjemiske midler. Imidlertid kan fysiske og biologiske midler også virke som mutagen eller teratogen. Begge disse kan føre til svært skadelige eller dødelige effekter hos individer. Imidlertid har forbedringen av bioteknologi gitt ny innsikt i både begreper mutagener og teratogener.