Hovedforskjellen mellom anammox og denitrifikasjon er at anammox refererer til anaerob ammoniumoksidasjon, som omdanner ammonium og nitritter til nitrogengass under anoksiske forhold. I mellomtiden, mens denitrifisering er den biologiske transformasjonen av nitrat til N 2 ved denitrifiserende bakterier.
Nitrogensyklusen er en viktig biogeokjemisk syklus der nitrogen omdannes til forskjellige kjemiske former, for eksempel NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -etc. Det er fire hovedprosesser sett i nitrogensyklusen. De er fiksering, ammonifisering, nitrifisering og denitrifikasjon. Mange av disse prosessene utføres av mikroorganismer, spesielt bakterier som er tilstede i jorden. Anammox er et av de siste tilskuddene til nitrogensyklusen. Det er prosessen med anaerob ammoniumoksidasjon. En bestemt gruppe bakterier kjent som planctomycetes utfører denne prosessen. De har en spesiell organell kalt anammoxosomes, som gir stedet for anammox-reaksjon. Men til slutt produserer både denitrifikasjon og anammox nitrogengass.
