Hovedforskjellen mellom Apicomplexia og Ciliophora er at Apicomplexia er en subfylum av protozoer og inkluderer organismer med et apikalt kompleks, mens Ciliophora er en annen subphylum av protozoer som inkluderer organismer med cilia.
Protozoer er en av de to hovedgruppene som tilhører Kongeriket Protista. Den andre gruppen er alger. Protozoer er encellede dyr som eukaryote organismer. De tilhører fire klasser: Sarcodina (amoebae), Ciliophora (ciliates), Zoomastigophora (flagellates) og Apicomplexa. Apicomplexia har en struktur kjent som et apical complex, mens Ciliophora-medlemmer har tusenvis av cilia på overflaten av organismen.
