Hovedforskjellen mellom BCAA og aminosyrer er at BCAA er forgrenet aminosyre som har alifatiske sidekjeder med en gren, mens aminosyrene er organiske forbindelser som inneholder amingrupper, karboksylgrupper og en spesifikk sidekjede.
Aminosyrer er byggesteinene til proteiner. Sidegruppen (R) av aminosyren bestemmer egenskapene til aminosyren. Derfor er denne sidegruppen spesifikk for aminosyrer. Med andre ord, forskjellige aminosyrer har forskjellige sidegrupper. Imidlertid har BCAAs en ekstra unikhet; et sentralt karbonatom bundet til tre eller flere karbonatomer.
