Hovedforskjellen mellom auxotrophs og prototrophs er at auxotrophs er mutante mikroorganismer som har mistet evnen til å produsere en bestemt organisk forbindelse som kreves for deres vekst mens prototrophs er villtype mikroorganismer som er i stand til å produsere alle nødvendige organiske forbindelser.
Mikroorganismer viser forskjellige ernæringsmåter. Spesielt har bakterier forskjellige evner. Noen bakterier er i stand til å fotosyntetisere og produsere sin egen mat mens noen bakterier lever i symbiotiske forhold til vertsorganismen og får næringsstoffer. Videre nedbryter noen bakterier organisk materiale og får næringsstoffer. Auxotrophs og prototrophs er to grupper av mikroorganismer som skiller seg ut fra deres evne til å produsere organiske forbindelser for deres vekst. Prototrofer kan syntetisere alle organiske forbindelser som er nødvendige for deres vekst mens autotrofer ikke er i stand til å produsere en bestemt organisk forbindelse som er essensiell for veksten på grunn av en mutasjon.
