Hovedforskjellen mellom klon etter klonsekvensering og hagle-sekvensering ligger i deres oppføringsmetode. Klon ved klonsekvenseringsmetode innebærer kartlegging av kromosomer og kloning før sekvensering mens kloning av hagle-sekvensering utelater både kromosomkartlegging og kloningstrinn under sekvenseringen.
Klon av klonsekvensering og kloning av hagle-sekvensering er to metoder for moderne genom-sekvensering. Klon for klonsekvensering er en mer pålitelig metode for sekvensering. Imidlertid er metoden for kloning av hagle-sekvensering raskere og billigere. Artikkelen fokuserer på den subtile forskjellen mellom klon etter klonsekvensering og hagle-sekvensering.