Hovedforskjellen mellom pluripotente og multipotente stamceller er at de pluripotente cellene har evnen til å skille seg inn i hvilken som helst celletype av de tre kimlagene mens de multipotente stamcellene har evnen til å utvikle seg til et begrenset utvalg av spesifikke celletyper.
Enkelte celler har evnen til å skille seg ut i andre typer spesialiserte celler. Denne evnen kalles cellepotens. Når en celle er i stand til å skille seg ut i flere celletyper, har den aktuelle cellen stor styrke. Likeledes har stamcellene stor cellepotens. De er udifferensierte celler fra flercellede organismer som kan dele seg raskt og skille seg ut i andre celletyper. Følgelig er det to hovedtyper av stamceller. De er nemlig embryonale stamceller og voksne stamceller. Basert på evnen til å skille seg ut i celletyper, er noen stamceller totipotente, mens noen er pluripotente og multipotente. Pluripotente stamceller kan bli en hvilken som helst type celler i de tre kimlagene mens multipotente stamceller kan skille seg ut i spesifikke celletyper. Følgelig er embryonale stamceller pluripotente celler. På den annen side er blodstamceller multipotente stamceller.
