Hovedforskjellen mellom flercellede og encellede er at flercellede organismer har mer enn en celle mens encellede organismer bare har en enkelt celle.
Basert på cellenummeret er det to kategorier av organismer. De er nemlig encellede og flercellede organismer. Oppførsel, anatomi og funksjonalitet til encellede og flercellede organismer varierer mellom hverandre. Flercellede organismer er organismer som består av mer enn en celle. De er komplekse organismer som har varierte funksjoner. På den annen side kalles encellede organismer også encellede organismer som består av bare en celle. Dermed har de enkle biologiske prosesser.