Hovedforskjellen mellom assimilerende og dissimilerende sulfatreduksjon er at assimilerende sulfatreduksjon produserer cystein som sluttprodukt mens dissimilatorisk sulfatreduksjon produserer sulfid som sluttprodukt.
Sulfatreduksjon er en av de viktigste anaerobe luftveiene. Videre er noen mikrober som er avhengige av anaerobe forhold i stand til å redusere sulfater for å oppnå energi. Videre er det to hovedveier der sulfater reduseres; de er assimileringsveien og spredningsveien. Der, i den assimilerende banen, gir reduksjonen av sulfat Cystein som sluttprodukt, som kan assimileres i levende organismer som planter og høyere eukaryoter. Tvert imot gir spredningsveien til sulfatreduksjon sulfid som sluttprodukt. Derfor er den mest signifikante, skillebare forskjellen mellom assimilerende og dissimilerende sulfatreduksjon typen av sluttproduktet hver produserer.
