Hovedforskjellen mellom makroskopisk og mikroskopisk er at begrepet makroskopisk refererer til stoffer som er synlige for det blotte øye, mens begrepet mikroskopisk refererer til stoffer som er usynlige for det blotte øye.
Begrepene makroskopisk og mikroskopisk refererer til to forskjellige skalaer som er nyttige for å bestemme størrelsen på forskjellige forbindelser. Makroskopiske stoffer er store nok til å sees med det blotte øye uten noe forstørrelsesinstrument. Tvert imot er mikroskopiske stoffer veldig små som ikke er store nok til å bli sett med det blotte øye. Dermed trenger vi et forstørrelsesinstrument som et mikroskop for å undersøke disse stoffene.