Hovedforskjellen mellom BLAST og FastA er at BLAST er et grunnleggende justeringsverktøy tilgjengelig på nettstedet National Center for Biotechnology Information mens FastA er et verktøy for likhetssøking tilgjengelig på European Bioinformatics Institute nettsted.
BLAST og FastA er to programvare som er mye brukt for å sammenligne biologiske sekvenser av DNA, aminosyrer, proteiner og nukleotider av forskjellige arter og ser etter deres likheter. Disse algoritmene ble skrevet med tanke på hastighet. Fordi, da forskere klarte å isolere DNA i laboratoriet på midten av 1980-tallet, reiste det behovet for å sammenligne og finne identiske gener for videre forskning i høy hastighet. Derfor ble disse to programvarene utviklet på en måte som brukeren kan gjøre et raskt søk på lignende sekvenser med spørringssekvensene.
BLAST er et akronym for Basic Local Alignment Search Tool og bruker den lokaliserte tilnærmingen til å sammenligne de to sekvensene. FastA er en programvare som refererer til Fast A der A står for All. Her fungerer programvaren med alfabeter som Fast A for DNA-sekvensering og Fast P for protein. Både BLAST og FastA er veldig raske i å sammenligne hvilken som helst genomdatabase og er derfor veldig levedyktige både monetært og i å spare tid.
