Hovedforskjellen mellom mikronukleus og makronukleus er at mikronukleus er den mindre kjernen som inneholder kimlinjegenomet til ciliate protozoer, mens makronukleus er den største kjernen som inneholder det somatiske genomet til ciliate protozoer.
Kjernedimorfisme er fenomenet å ha to forskjellige typer kjerner i samme celle. Det er en spesiell egenskap tilstede i protozoan ciliates og noen foraminifera. Disse to kjernene er makronukleus og mikronukleus. De inneholder separate genomer. Makronukleus er den største som styrer metabolismen av ciliatprotozoene mens mikronukleus er den mindre som utfører reproduksjonsfunksjoner og genererer makronukleus.
